A partir de la temporada siguiente, Bernardi deja de ser el entrenador del equipo, sería despedido después del partido de Godoy Cruz contra Gremio por los ‹octavos de final› de la «Conmebol Libertadores». Godoy Cruz jugó por el tercer lugar en Córdoba ante Estudiantes y fue derrotando, cerrando el torneo en un muy buen cuarto puesto lo que le dio la chance de jugar en 2017 su tercer «Copa Libertadores».