Para el Torneo de Clausura 2004 su equipo llegó a los cuartos de final siendo eliminado por Unión Española en penales tras igualar 6-6 en el global. En la final jugó contra el hasta ese entonces actual bicampeón del fútbol chileno Cobreloa. Además Johnny Herrera fue una de las grandes figuras del torneo, con atajadas inolvidables para el hincha azul. Esta situación llevó a la rescisión del contrato de Paco Herrera y la contratación de Abel Resino como nuevo técnico.
