Otro de los ilustres entrenadores del equipo fue Javier Irureta, quien ganó el único campeonato de liga de la historia blanquiazul, la Copa del Rey recordada como «el centenariazo» (frente al Real Madrid Club de Fútbol, en su estadio, el día que cumplía cien años) y con el que consiguió cinco participaciones consecutivas en la Liga de Campeones. En su vuelta a Segunda División, se incorporaron al equipo varios jugadores procedentes del Udinese como Álex Geijo, Carlos Calvo, Guilherme Siqueira, y los mundialistas Jonathan Mensah y Fabián Orellana.
