En esa primera campaña en la segunda categoría del fútbol argentino, Patronato obtuvo 50 puntos y finalizó en la 13.ª posición sobre un total de 20 equipos, con su goleador Diego Jara. El equipo es dirigido en el torneo 2012/2013 por Medero-Marini hasta la fecha 28 y luego por Diego Osella hasta el final del torneo, finalizando en la séptima posición con 56 puntos. En esta temporada fue el único equipo que logró vencer a los 4 mejores equipos del torneo, River Plate (1-0), Quilmes (2-1), Instituto (3-1) y Rosario Central (1-0). También tuvo otras brillantes actuaciones ante otros rivales de larga trayectoria en la Primera División como Huracán (2-1) y Gimnasia y Esgrima de La Plata (2-0). Finalizó el campeonato en el sexto lugar por detrás de Boca Unidos y los cuatro equipos previamente mencionados.
